Балканские горы Туркменистана — Большой и Малый Балкан — представляют собой уникальный природный регион с богатой и разнообразной фауной. По данным современных исследований, на этой территории обитает около 28 видов пресмыкающихся. Среди земноводных особую научную ценность представляет центральноазиатская тетраплоидная зелёная лягушка — редкий реликтовый вид, сохранившийся в экосистемах Туркменистана.

На полузакреплённых песках, а также на глинистых и суглинистых почвах встречаются среднеазиатская черепаха, различные виды ящериц, обыкновенные стрелковые змеи, пустынные вараны и роющие пустынные змеи. Кроме того, в Балканских горах Туркменистана зафиксированы такие виды, как азиатская пятнистая полозка, кавказская агама и краснополосый полоз.

Одним из наиболее примечательных представителей пресмыкающихся является серый варан, которого нередко называют «пустынным крокодилом». Этот крупный хищник свободно перемещается от предгорий до труднодоступных горных склонов и высоких плато. Его длина может достигать полутора метров. В период сильной летней жары, особенно в июле, варан впадает в летнюю спячку, переходящую затем в зимнюю.

Фауна млекопитающих Балканского региона Туркменистана также отличается редкими и эндемичными видами. Здесь обитают тушканчик Северцова, копетдагский хомяк, туркменский корсак, горная выдра, туркменский каракал и манул, что подчёркивает высокую природоохранную значимость региона.

Птицы, особенно хищные, являются важным индикатором состояния окружающей среды. В разные годы в Балканских горах Туркменистана было зарегистрировано от 120 до 170 видов птиц, включая перелётные. В настоящее время здесь гнездятся орлы, бородачи, балобаны, кавказские канюки, а также многочисленные представители воробьинообразных.

Малый Балкан выделяется своими необычными, напоминающими лунные пейзажи ландшафтами. Сложный рельеф региона привлекает внимание учёных и путешественников. Родник Чалсув, название которого переводится как «вода, выходящая из верблюжьей колючки», известен своей чистой и приятной на вкус водой. Наивысшая точка Малого Балкана достигает 780 метров над уровнем моря.

В прошлом, в особенно суровые зимы, сайгаки мигрировали из Казахстана на северные склоны Балканских гор. Однако с конца 1990-х годов, на фоне сокращения численности копытных животных на приграничных территориях Туркменистана с Казахстаном и Узбекистаном, сайгаки в этом регионе больше не фиксируются.